Ясно.
Там, как обычно, все на глазах меняется: и иорданцы чуток подорожали, и самые дешевые египтяне появились. LAN действительно без разницы - тот же альянс, что и Иберия с Royal Jordanian.
Не суть. А суть в том, что это действительно два разных билета со всеми вытекающими. К сожалению, эти системы слишком тупы, чтобы регулярно находить такие интересные варианты через multi-city.
Выхода пока видится два:
1) Разговаривать с представителями Royal Jordanian. Либо на предмет продажи Вам единого билета (они имеют право продавать билеты партнеров как свои собственные) по интересующей Вас цене, либо об организации перегрузки багажа в Мадриде.
2) Брать на orbitz единый билет Бангкок - Лондон - Мадрид - Лима - Гуаякиль. Плюсы: не должно быть никаких проблем с транзитом. Минусы - баксов на 150 дороже. И стыковка в Мадриде, конечно, мутная. Зато в Лондоне короткая.
Как-то так мне имхуется ...